Deux souches de probiotique, Lactobacillus rhamnosus GG et Saccharomyces boulardii, sont efficaces contre la diarrhée des antibiotiques. Prises dès le début du traitement, décalées de deux heures, puis une à deux semaines après, elles protègent la santé intestinale et la flore sans reconstruire le microbiote à l'identique.
Pourquoi un antibiotique bouscule le microbiote intestinal
Un antibiotique ne fait pas le tri entre la bactérie responsable de l'infection et les milliers d'espèces qui peuplent le tube digestif. Il agit sur toutes les bactéries sensibles à sa molécule, où qu'elles se trouvent dans l'organisme. Le microbiote intestinal, qui compte des dizaines de milliers de milliards de micro-organismes, en fait donc les frais à chaque prise d'antibiotiques, surtout avec un antibiotique à large spectre comme l'amoxicilline associée à l'acide clavulanique, les céphalosporines ou les fluoroquinolones.
Les effets des antibiotiques sur le microbiome intestinal sont bien décrits par la recherche : chute de la diversité bactérienne, disparition temporaire de certains groupes utiles, prolifération d'espèces opportunistes qui profitent de la place laissée libre. La composition du microbiote revient en grande partie à son état de départ en quelques semaines chez la plupart des adultes en bonne santé, mais certaines espèces peuvent rester absentes plusieurs mois après la fin du traitement.
La conséquence la plus visible est la diarrhée associée aux antibiotiques (antibiotic associated diarrhea dans la littérature). Elle touche selon les études entre 5 et 35 % des patients, avec un risque plus élevé chez l'enfant, la personne âgée et lors des traitements longs. Dans sa forme la plus grave, elle est due à Clostridium difficile, une bactérie qui se développe quand la flore intestinale ne joue plus son rôle de barrière. La muqueuse intestinale, privée d'une partie de ses bactéries protectrices, devient alors plus exposée à l'inflammation.
Ce déséquilibre explique l'intérêt porté aux probiotiques : apporter des micro-organismes vivants capables de traverser le tube digestif, de limiter la place prise par les bactéries indésirables et de réduire la diarrhée. Pour mieux comprendre le fonctionnement général de l'intestin et les gestes de prévention au quotidien, la rubrique santé et prévention au quotidien du site rassemble d'autres articles utiles.
Dysbiose : ce que les chercheurs observent
Les scientifiques nomment dysbiose ce déséquilibre de la communauté bactérienne. Les chercheurs y voient une perte de fonctions autant que d'espèces : les micro-organismes intestinaux utiles contribuent à la digestion des fibres, à la production de nutriments pour les cellules du côlon et à la défense contre les germes pathogènes. Une antibiothérapie répétée prive la communauté microbienne de ces fonctions, ce qui peut également se traduire par un transit perturbé, des ballonnements ou des troubles de la digestion au-delà de la diarrhée. Les gastro-entérologues rappellent que cet équilibre dépend aussi de la nutrition, du sommeil et d'éventuelles maladies digestives associées : aucune approche unique ne suffit à soutenir la santé digestive, et le conseil d'un professionnel de santé aide à choisir une approche adaptée.
Quels probiotiques prendre après antibiotiques ?
Tous les probiotiques ne se valent pas, et le bénéfice d'un produit dépend de la souche spécifique, pas seulement de l'espèce inscrite sur la boîte. Les travaux de recherche disponibles convergent vers deux candidats, étudiés dans des dizaines d'essais contrôlés et repris par les recommandations de sociétés savantes.
Lactobacillus rhamnosus GG
Lactobacillus rhamnosus GG (souvent noté LGG) est une bactérie lactique isolée dans les années 1980, qui résiste à l'acidité gastrique et adhère à la muqueuse intestinale. C'est la souche bactérienne la mieux documentée chez l'enfant pour la prévention de la diarrhée liée aux antibiotiques. Étant elle-même une bactérie, elle reste sensible à de nombreux antibiotiques : il faut donc décaler sa prise, comme expliqué plus bas.
Saccharomyces boulardii
Saccharomyces boulardii est une levure, pas une bactérie. Cette différence a une conséquence pratique : les antibiotiques antibactériens n'ont pas d'effet sur elle, ce qui permet de la prendre en même temps que le traitement. Elle est étudiée chez l'adulte comme chez l'enfant, y compris pour la prévention des récidives de colite à Clostridium difficile, en complément du traitement prescrit. Elle est en revanche détruite par les antifongiques.
Et les mélanges multi-souches ?
Les compléments du commerce associent souvent plusieurs lactobacilles et bifidobactéries (Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium lactis, Lactobacillus casei). Certains mélanges ont été testés avec des résultats positifs, mais les données sont plus dispersées, et un mélange n'est pas plus efficace qu'une souche seule du simple fait de son nombre de souches. Le critère utile reste le même : la souche exacte est-elle citée, et a-t-elle été évaluée dans cette indication précise ?
| Critère | Lactobacillus rhamnosus GG | Saccharomyces boulardii |
|---|---|---|
| Type de micro-organisme | Bactérie lactique | Levure |
| Sensible aux antibiotiques | Oui, prise à décaler | Non (sensible aux antifongiques) |
| Public le mieux étudié | Enfant | Enfant et adulte |
| Clostridium difficile | Données limitées | Étudiée en prévention des récidives |
| Précaution principale | Immunodépression sévère | Cathéter veineux central, immunodépression |
Ce que disent les synthèses Cochrane
La Cochrane, réseau indépendant qui compile les essais cliniques, a publié deux revues systématiques (systematic review) souvent citées sur le sujet. Elles forment la base la plus solide dont on dispose pour le grand public comme pour les soignants.
La première, mise à jour en 2019 par Guo et ses collègues, porte sur les probiotiques pour la prévention de la diarrhée chez l'enfant sous antibiotiques (probiotics for the prevention of pediatric antibiotic associated diarrhea). Elle regroupe 33 essais et 6 352 participants, qui étaient des enfants de 0 à 18 ans (DOI 10.1002/14651858.CD004827.pub5). La diarrhée est survenue chez 8 % des enfants du groupe probiotique contre 19 % dans le groupe témoin : il faut traiter environ 9 enfants pour éviter un épisode. Les auteurs relèvent que l'effet est net aux doses élevées, d'au moins 5 milliards d'UFC par jour, et citent Lactobacillus rhamnosus et Saccharomyces boulardii à 5 à 40 milliards d'UFC par jour comme les options les plus appropriées (revue Cochrane CD004827, 2019).
La seconde, publiée en 2017 par Goldenberg et ses collègues, porte sur la diarrhée à Clostridium difficile chez l'adulte et l'enfant : 31 essais, 8 672 participants (DOI 10.1002/14651858.CD006095.pub4). Le risque est passé de 4,0 % sans probiotique à 1,5 % avec, soit une baisse d'environ 60 %, avec un bénéfice surtout marqué quand le risque de départ est élevé (revue Cochrane CD006095, 2017).
Ces chiffres ont une limite que les notices commerciales passent sous silence : ils portent sur la prévention de la diarrhée, pas sur la reconstitution du microbiote. Un probiotique réduit un symptôme ; il ne remet pas en place, bactérie par bactérie, la flore d'avant le traitement.
Probiotiques et reconstitution du microbiote : le débat ouvert en 2018
Un travail de l'institut Weizmann, publié dans la revue Cell en 2018 par Suez et ses collègues, a jeté un doute sur l'idée que les probiotiques « reconstruisent » la flore intestinale. Chez des participants en bonne santé qui étaient sous antibiotique (DOI 10.1016/j.cell.2018.08.047), la prise d'un mélange de onze souches a retardé le retour du microbiome intestinal à son état initial, comparée à une récupération spontanée ou à une greffe de leur propre flore prélevée avant le traitement (Suez et al., Cell, 2018).
L'étude portait sur un petit groupe et un seul mélange, et ne dit rien de la diarrhée, que les revues Cochrane traitent. Elle rappelle surtout qu'il existe deux objectifs distincts, souvent confondus :
- Prévenir la diarrhée pendant le traitement : l'intérêt de souches précises est démontré, surtout chez l'enfant et chez les personnes à risque de Clostridium difficile.
- Retrouver la diversité bactérienne d'avant : aucun probiotique ne l'a prouvé ; l'alimentation et le temps restent les principaux leviers.
C'est l'angle que la plupart des articles grand public oublient : chez un adulte en bonne santé qui tolère bien son antibiotique, un probiotique après la fin du traitement n'est pas indispensable. Il devient pertinent quand la diarrhée apparaît, quand les antécédents font craindre une récidive d'infection à Clostridium difficile, ou chez l'enfant.
Faut-il prendre des probiotiques pendant les antibiotiques ?
Oui, c'est même pendant le traitement que la protection se mesure : dans la plupart des essais, le probiotique commence avec la première dose d'antibiotique, et non après. Attendre la fin du traitement revient à laisser passer la période où la diarrhée survient le plus souvent.
La règle pratique diffère selon le type de probiotique :
- pour une bactérie comme Lactobacillus rhamnosus GG, espacer d'au moins deux heures la prise du probiotique et celle de l'antibiotique, pour que la concentration de l'antibiotique dans l'intestin soit plus basse au moment où les bactéries arrivent ;
- pour Saccharomyces boulardii, le décalage n'est pas nécessaire avec un antibiotique antibactérien, mais il ne gêne pas non plus.
L'association probiotique et antibiotique ne diminue pas l'efficacité du traitement contre l'infection : les deux n'agissent pas au même endroit, et aucun essai n'a montré d'échec du traitement lié au probiotique. Le médecin ou le pharmacien reste la bonne personne pour vérifier la compatibilité avec le reste de l'ordonnance.
Combien de temps prendre des probiotiques ?
La durée qui a fait ses preuves suit celle du traitement antibiotique : du premier jour de la prise d'antibiotiques jusqu'à la fin du traitement, puis une à deux semaines au-delà, le temps que la flore intestinale se stabilise. C'est le schéma retenu dans la majorité des essais inclus dans les revues Cochrane, dont beaucoup poursuivaient le probiotique jusqu'à sept jours après la fin.
Exemple concret : pour une angine traitée par amoxicilline pendant six jours, un schéma cohérent avec ces données consiste à commencer la levure en même temps que l'antibiotique, à la garder les six jours du traitement, puis à la poursuivre une à deux semaines de plus. Avec Lactobacillus rhamnosus GG, même calendrier, en plaçant la gélule deux heures après l'antibiotique du matin.
Prolonger au-delà de plusieurs semaines n'apporte pas de bénéfice démontré chez une personne sans trouble digestif persistant. Une diarrhée qui dure, s'accompagne de fièvre, de sang dans les selles ou de douleurs abdominales, ou qui apparaît dans les semaines suivant le traitement, justifie une consultation et non un probiotique de plus : c'est le tableau d'une colite à Clostridium difficile.
Dose, UFC et lecture de l'étiquette
La quantité de micro-organismes vivants s'exprime en UFC (unités formant colonies). Les doses associées à un effet dans les essais chez l'enfant commencent à 5 milliards d'UFC par jour, et la revue Cochrane de 2019 retient une fourchette de 5 à 40 milliards d'UFC. Chez l'adulte, les produits à base de Saccharomyces boulardii sont souvent dosés en milligrammes de levure plutôt qu'en UFC, ce qui complique la comparaison.
Quelques points à vérifier avant de choisir un complément :
- le nom complet de la souche, et pas seulement de l'espèce (un code après le nom, comme GG, signale une souche identifiée) ;
- le nombre de milliards d'UFC garanti jusqu'à la date limite, et non à la fabrication ;
- les conditions de conservation (certaines souches demandent le réfrigérateur) ;
- le statut du produit : médicament ou complément alimentaire, ce dernier n'ayant pas à démontrer son efficacité avant d'être vendu.
Un produit vendu avec une livraison offerte et une liste de dix souches non identifiées apporte moins d'informations qu'un produit à une seule souche documentée. Pour l'enfant, le pharmacien peut orienter vers une forme adaptée (sachet, gouttes).
Comment reconstituer le microbiote intestinal par l'alimentation ?
Le principal allié de la flore intestinale après un traitement reste l'assiette. Une alimentation riche en fibres nourrit les bactéries qui ont survécu et favorise le retour des espèces utiles. Ces fibres, appelées prébiotiques quand elles servent de carburant aux bactéries, se trouvent dans des aliments courants :
- légumes (poireau, oignon, ail, artichaut, asperge) ;
- fruits (banane peu mûre, pomme, fruits rouges) ;
- légumineuses (lentilles, pois chiches, haricots) ;
- céréales complètes (avoine, orge, pain complet).
Ces fibres prébiotiques sont bénéfiques parce qu'elles nourrissent précisément les bactéries qui aident le côlon à digérer. Les aliments fermentés apportent aussi des micro-organismes vivants, en quantités variables : yaourt, kéfir, choucroute crue, kimchi, miso. Ils ne remplacent pas une souche probiotique étudiée, mais ils participent à la diversité de l'alimentation, qui est le meilleur prédicteur connu de la diversité du microbiote. Les idées de repas simples de la rubrique alimentation et bienfaits des aliments vont dans ce sens.
À l'inverse, pendant l'épisode de diarrhée, mieux vaut privilégier une alimentation douce pour la digestion et surtout boire suffisamment, en particulier chez l'enfant et la personne âgée. Les fibres se réintroduisent progressivement quand le transit se normalise.
Qui doit éviter les probiotiques ?
Les probiotiques sont bien tolérés chez la plupart des personnes, avec parfois des ballonnements les premiers jours. Des infections graves provoquées par le probiotique lui-même ont toutefois été décrites dans des situations précises :
- personnes fortement immunodéprimées (chimiothérapie, greffe, traitement immunosuppresseur) ;
- patients porteurs d'un cathéter veineux central, chez qui Saccharomyces boulardii a été associée à des cas de fongémie ;
- prématurés et nouveau-nés hospitalisés, sauf avis spécialisé ;
- maladies graves de l'intestin avec lésions de la muqueuse intestinale.
Dans ces cas, la décision revient au médecin. Il en va de même pendant la grossesse, même si les données disponibles sont rassurantes pour les souches courantes. Les infections urinaires récidivantes, souvent traitées par antibiotiques, sont un autre contexte où l'avis médical prime ; le site y consacre un article sur la cystite et ses traitements.
Yaourt, alimentation et diarrhée après une cure d'antibiotiques
Quels aliments favoriser après un traitement antibiotique ?
Les légumes, les fruits, les légumineuses et les céréales complètes, riches en fibres qui nourrissent les bactéries du côlon, ainsi que les aliments fermentés comme le yaourt ou le kéfir. La variété compte davantage qu'un aliment miracle.
Comment prévenir la diarrhée liée aux antibiotiques ?
En prenant, dès le premier jour du traitement, une souche étudiée comme Saccharomyces boulardii ou Lactobacillus rhamnosus GG à dose suffisante, en respectant la durée prescrite de l'antibiotique et en buvant assez. Une diarrhée sévère ou fébrile impose de consulter.
Un yaourt suffit-il après des antibiotiques ?
Un yaourt apporte des bactéries lactiques, mais en quantité et en souches non standardisées, rarement celles évaluées dans les essais. Il reste intéressant dans une alimentation variée, sans remplacer un probiotique dosé quand la prévention de la diarrhée est l'objectif.
Les probiotiques réduisent-ils l'efficacité de l'antibiotique ?
Aucun essai n'a montré de perte d'efficacité du traitement contre l'infection. C'est plutôt l'inverse qui se produit : l'antibiotique peut détruire une bactérie probiotique, d'où le décalage de deux heures pour les lactobacilles.